編著書
永田 俊・熊谷 道夫・吉山 浩平 （編）「温暖化の湖沼学」
(2012.2、京都大学学術出版会）
永田 俊・ 宮島 利宏 (編)「流域環境評価と安定同位体―水循環から生態系まで」
（2008.2、京都大学学術出版会）
翻訳書
デイビッド・Ｌ・カーチマン（著）、永田 俊（訳） 「微生物生態学－ゲノム解析からエコシステムまで－」
(2016.9、京都大学学術出版会）
図書 (分担執筆）
永田俊「9章：食物網の中の微生物」「10章：微生物による生元素循環」
（木暮一啓・濱崎恒二(編)『水圏微生物学の基礎』（2015.9、恒星社厚生閣）
永田 俊 「水質汚染–トーラ川の窒素汚濁」
（小長谷有紀・前川 愛(編)『現代モンゴルを知るための５０章』（2014.9、明石書店）
伊藤雅之・陀安一郎・永田 俊 「7-4: 首都の人口増加とそれに伴う河川の水質汚濁」
（藤田 昇・加藤 聡史・草野 栄一・幸田 良介(編)『モンゴル–草原生態ネットワークの崩壊と再生』（2013.10、京都大学学術出版会）
永田 俊 「4.1 安定同位体法による排出源の特定」
（古米 弘明・川上 智規・酒井 憲司 (編)『森林の窒素飽和と流域管理』（2012.3、技報堂出版）
Okuda, N., Takeyama, T., Komiya, T., Kato, Y., Okuzaki, Y., Karube, J., Sakai Y., Hori M., Tayasu, I. and Nagata, T. “A food web and its long-term dynamics in Lake Biwa: a stable isotope approach”
(Hikroya Kawanabe, Machiko Nishino and Masayoshi Maehata (eds.) , [Lake Biwa: Interactions between Nature and People](2012.Springer Science + Business Media B.V.)
Ogawa N., Nagata T., Kitazato, H., and Ohkouchi, N. “Ultra-sensitive elemental analyzer/isotope ratio mass spectrometer for stable nitrogen and carbon isotope analyses”
(Naohiko Ohkouchi, Ichiro Tayasu, and Keisuke Koda (eds.), [Earth, Life, and Isotopes] (2010.Kyoto University Press)
永田 俊 「海の中のミクロな環」
（塚本 勝巳(編)『海と生命』（2009.6、東海大学出版会）
Toshi NAGATA “ORGANIC MATTER-BACTERIA INTERACTIONS IN SEAWATER”
(David L. Kirchman (ed.), [Microbial Ecology of the Oceans, second edition] (2008. JOHN WILEY & SONS, Inc.)
永田 俊・茂手木 千晶 「微生物の海―海洋生態系における微生物群集の働きと多様性」
（京都大学総合博物館・京都大学生態学研究センター(編)『生物の多様性って何だろう–生命のジグソーパズル』（2007.8、京都大学学術出版会）
永田 俊 「微生物ループの基本概念」
（木暮 一啓(編)『海洋生物の連鎖–生命は海でどう連環しているか』（2006.5、東海大学出版会）
永田 俊 「有機物」
（東京大学海洋研究所(編)『グランパシフィコ航海記』（2004.12、東海大学出版会）
Toshi Nagata “Picopellets” Produced by Phagotrophic Nanoflagellates: Role in the Material Cycling within Marine Environments Cycles within Marine Environments”
(N. Handa, E. Tanoue and T. Hama eds.), [Dynamics and Characterization of Marine Organic Matter] (2000.Terra Scientific Publishing Company)
Toshi NAGATA “Production Mechanisms of Dissolved Organic Matter”
(David L. Kirchman (ed.), [Microbial Ecology of the Oceans] (2000. JOHN WILEY & SONS, Inc.)
Toshi Nagata and David L. Kirchman “Roles of Submicron Particle and Colloids in Microbial Food Webs and Biogeochemical Cycles within Marine Environments”
(J. Gwynfryn Jones ed.), [Advances in Microbial Ecology Vol.15] (1997.Plenum Press, New York)
永田 俊 「温室の中の海洋生物ネットワーク」
（半田 暢彦編)『大気水圏科学からみた地球温暖化』（1996.3、名古屋大学出版会）
Nagata, T. and Koike, I. “Marine colloids: Their roles in food webs and biogeochemical fluxes”
(H. Sakai and Y. Nozaki, E. eds.), [Biogeochemical Processes and Ocean Flux in the Western Pacific] (1995.Terra Scientific Publishing Company)
Toshi NAGATA “Contribution of Picoplankton to the Grazer Food Chain of Lake Biwa”
(Max M. Tilzer and Colette Serruya (eds.), [Large Lakes-Ecological Structure and Function] (1990, Springer-Verlag, Berlin)
事典類
「動物の事典」
（末光隆志 （総編集）） （2020.11、朝倉書店 577-579頁）
12.3 生態系の形成
「植物学の百科事典」
（日本植物学会（編）日本育種学会（編集協力）（2016.6、丸善出版（株）
陸水学
生態ピラミッド
赤潮とアオコ
「環境と微生物の事典」
（日本微生物生態学会 (編)（朝倉書店、６３頁）
海洋の炭素循環と微生物 －－次生産、有機物、分解－
「地球と宇宙の化学事典」
（日本地球化学会(編) （2012.9、朝倉書店、１２６–１２７頁）
生態系 ecosystem
「環境事典」
（日本科学者会議(編) （2008.8、旬報社、３１９、６００、７１３、８５９、８６２、９８９頁）
懸濁態炭素 suspended carbon
屑食食物連鎖 detritus food chain
デトリタス detritus
微環境 micro environment
微生物ループ microbial loop
有機浮泥 organic fluid mud
「陸水の事典」
（日本陸水学会(編) （2006.3、講談社、１１９-１２０、２０９-２１０、２８１、３５７-３５８,４３２、４５８頁）
独立栄養生物 autotroph
菌体生産効率 bacterial growth efficiency
従属栄養 heterotrophy
従属栄養構成要素 heterotrophic component
従属栄養細菌 heterotrophic bacteria
従属栄養生物 heterotroph
従属栄養鞭毛虫 heterotrophic flagellate
全菌数 total bacterial abundance
独立栄養構成要素 autotrophic component
独立栄養細菌 autotrophic bacteria
壁面効果 wall effect
無機栄養細菌 chemolithotrophic bacteria
「生態学事典」
（巌佐 庸、菊沢 喜八郎,松本 忠夫,日本生態学会(編) （2003.3、共立出版、４１５–４１６、２０７頁）
自生性と他生性 autochthonous and allochthonous
デトリタス detritus
「地球環境調査計測事典」
（竹内 均 （監）（2003.3、株式会社 フジ・テクノシステム、183-187頁）
第7節 生物密度ならびに現存量調査 －細菌－